从阴茎增长看导致真正小阴茎的病因包括：
（１）病变原发于睾丸的高促性腺激素性腺功能低下症，这时下丘脑和垂体正常，能发出强有力的指令，但睾丸有病，无法执行生产性激素和精子的命令。
（２）低促性腺激素性腺功能低下症，这是因为下丘脑和垂体有病变，不能向下发出分泌睾酮指令。上述两种疾患本书已分别介绍过。
（３）部分性抗雄激素综合征，即阴茎对雄激素不敏感，患者体内睾酮水平正常，但第二性征异常，甚至可能有尿道下裂。
（４）特发性小阴茎，原因至今不明。为了进一步说明阴茎大或小的原因，还是让我们一起回顾一下阴茎的发生与发育过程。为了叙述方便，我们把它分为四个阶段：
（１）妊娠第10-12周，阴茎刚刚分化好，只有3.5毫米长，这时起作用的是在胎盘分泌的ｈＣＧ作用下而产生的睾酮。
（２）妊娠的中、后期6个月，阴茎生长速度很快，出生时已达2.5-3.5厘米，这时胎儿垂体开始分泌促性腺激素ＬＨ和ＦＳＨ。
（３）出生后至青春期前（7岁左右），阴茎生长缓慢，这是因为下丘脑、垂体发育慢，睾酮水平也低的缘故。
（４）青春期开始后，垂体和睾丸激素分泌旺盛，阴茎迅速生长，仅5年左右就达到成人水平，增长增粗。当老年性激素水平显着降低或外科去势后，阴茎可继发性退化。若继发性阳痿停止性接触多年之后，也有可能造成病理性退化，这不是一般所说的用进废退问题，而是平滑肌纤维发生退行性变化的后果。
总之，阴茎的分化与发育全靠体内的睾酮水平，如果妊娠第6-9个月期间，睾酮分泌不足，阴茎发育低于正常速度，出生时阴茎便较小。