破坏阴道内微生态环境
阴道微生物菌群主要栖居在阴道侧壁的粘膜、皱褶中，其次在阴道穹窿和宫颈处。健康妇女阴道排出物中的活菌数为100~1亿个/毫升。
目前公认的阴道正常菌群中最重要的成员是乳酸杆菌，其数量可达8000万个/毫升，其功能主要是保护阴道不受外来菌的侵袭，是阴道的“健康卫士”，所以医学上常以阴道分泌物中乳酸杆菌的数量来确定阴道的清洁度及判断阴道自洁功能的好坏。
有学者调查了40名健康育龄妇女，92.5%都有乳酸杆菌，而更年期妇女则仅有60%。如果经常使用阴道清洁液冲洗阴道，乳酸杆菌就会更少。
降低生育率
美国学者观察848位已婚妇女发现，用阴道冲洗液冲洗阴道的妇女，预期妊娠每月降低了30%，年轻者较年长者降低更明显。其原因可能是阴道的酸碱度和微生态环境发生改变，病原菌繁殖生长，导致某种疾病的发生，最终导致不育症。
由于阴道正常菌群具有“自洁功能”，一般情况下，无需用灌洗液冲洗阴道。患有各种疾病的患者出于治疗目的，在医生指导下选用治疗冲洗剂是必要的，但绝不能长期使用。
增加性传播疾病的发生
按习惯或误导，在不洁性交之后，女性大都用冲洗液冲洗阴道，一是防止受孕二是怕传染上性病，但医学调查结果却恰恰相反。印尼的医生曾对599例产前妇女进行分析，结果发现，经常使用冲洗液进行阴道冲洗的妇女患性病的危险性反而增加，但在性生活后用清水冲洗阴道则没有危险性。
这项调查也证明，冲洗液破坏了阴道酸碱度(PH)，致病菌必然会急剧生长，所以性病的感染率增加。而清水没有改变阴道的酸碱度，故不会破坏阴道正常菌群。