对于真正的小阴茎患者要尽量了解清楚其发病原因才能对症治疗。睾丸本身有问题的患者，因其根本问题在于雄激素不足，可长期使用雄激素作为替代治疗。用药后多可发现第二性征改善，阴毛、胡须均增多，但生育力不能改善。停药后可能有反复。睾酮用药时间越早越好，一旦确诊后，就应开始治疗。但诊断时必须首先排除其他病变，特别是青春期延缓，后者不需治疗。
必须指出，儿童期过多使用睾酮可使骨骼融合过早，影响身体发育、长高。
原因不明的小阴茎也可试用睾酮治疗。成年男子不要滥用睾酮，最好请专科医生制订治疗计划。
若是阴茎对雄激素不敏感，则无有效治疗方法。只能像国外一些人那样采用性别改换手术(由男变为女)，但性别的决定一定要在3岁之前解决好，否则到了青春期才改变，病人心理上很难承受。国外曾有人注射硅胶来使阴茎增大，但实际效果很差，一是阴茎只能增粗不能增长;二是龟头不能增粗;三是硅胶等的局部刺激作用、毒性可能致癌;四是勃起时可能疼痛。因此，有人手术后又要求恢复原状，这种方法已淘汰。
至于性发育正常、而阴茎偏小、属于正常差异的男子，问题是不要背包袱，要增强自信心。因为，从性功能角度讲，关键是勃起，阴茎再大，但不能勃起岂不是枉然。再从女性来讲，因为女性阴道的伸缩能力很强，能适应大、小不同的阴茎。阴道的神经末梢全部集中在外1/3段，该段在平台期显著充血并紧缩成高潮平台，产生对阴茎的"紧握"作用，这对双方的性刺激都十分重要。而阴道内三分之二，在性反应中充分扩展，并且缺乏足够的神经未梢。所以，阴茎的大小对于阴道的感觉来说意义不大。目前已发现阴道内最敏感的点位于前壁距外口5厘米处，相当于男子的前列腺部位，人们称之为"G点"。刺激该点对于女方获得高潮快感意义重大，这进一步说明，阴茎勃起后能超过7厘米足矣。因此，这些男子没有任何必要自卑、苦恼。
最后要提醒各位注意的是千万不要自作主张乱服激素类药物，服法不当还会造成严重副作用。如服用烷基化睾酮可有肝脏毒性作用、痤疮问题、抑制内源性睾酮生成等问题。滥用中成药一般弊多利少，不会有什么帮助。由于阴茎内没有肌肉组织，所以采取真空、按摩等机械办法并不能使阴茎增大，暂时的扩大只是血液充盈稍多，操作不当还会导致皮下出血或海绵体组织的损伤，那就得不偿失了。