由于女性的解剖生理特点，其手淫造成的生理危害也是不能忽视的。
少女在手淫时，由于手和异物的不清洁，很容易将病原体种植于体内以致引起感染。
（1）女性尿道公约4厘米长，不及男性的1/3，而且又接近阴道，手淫可以引起尿道口充血及轻微的损伤，病原体能够通过短而直的尿道，很快上行感染到膀胱，甚至肾脏，造成感染。轻的可有尿频、尿痛等不适，严重时可腰痛、发冷、发烧。如果治疗不及时，会成为慢性炎症，并经常发作。
（2）女性阴道也只有7－8厘米长，正常情况下阴道口是闭合的，起到一定的保护作用。手淫可使阴道口开，将病原体直接送入阴道，也极易上行感染，引起子宫、输卵管炎症。（3）性冲动时白带增多，同时阴道口的前庭大腺也会增加分泌液体，这些物质是供给细菌生长发育的良好条件。手淫可把细菌带到生殖器官内，更容易引起发炎。
（4）正常情况下，女性阴道内是酸性环境，对防止细菌繁殖起到一定作用。但是，当月经期和月经来潮前后，这种环境有所改变，又为病原体的生长创造了条件，如果在这阶段手淫更容易造成感染。另外，即使没有直接造成炎症，临床证实，在性兴奋的情况下，生殖器官是处于充血状态的，经常处于充血状态时，会使月经过多，造成生殖器官发炎。至于有些人在手淫时还向阴道内放置一些异物，这不仅增加感染机会，有时还能造成损伤。
女性手淫产生的副作用有三个方面：
一是长期手淫，产生了依赖性习惯，离开这种熟悉的习惯就不能得到快感；
二是自体生殖器对手指感觉的长期依赖，产生了对异性生殖器的陌生感或排斥感，甚至发生临床抵制；
三是长期的手淫自慰，产生了危害极大的心理偏见，即，沉溺手淫的人，已不能意识到做爱是男女双方共同操作、共同投入、共同创造的情感体验过程，而仍囿于自己一个人的单方面的满足，致使与做爱对象灵肉分离，不能两心相悦。
手淫不可成为习惯，尤其不可成为依赖性的习惯。手淫只能是婚前的临时自慰，而非性的正常归宿。所好者，男性手淫，由于手淫环境达不到女方阴道环境的刺激强度，所以婚后一般多能摒弃而改为正常的生殖器交媾。但是女性不然。女性由于阴蒂多不直接外露，生殖器交媾时常因阴茎对它刺激不足而不能产生深度的快感，以致使高潮难以出现。
有手淫史、特别是有依赖性手淫习惯的女性，在婚后一定要坚决地改造自己，与老公积极地配合，这样，才能体味出融融爱意之深刻。
少女手淫危害主要表现在心理上：在初期手淫后，伴有生理性的快感，往往会发生惊慌、恐惧、不知所措的情绪。好奇心驱使她们到处寻找有关书籍，一旦发现这种行为不好时，她们会立即产生后悔、羞愧、担心、忧虑等心理，产生对手淫的自责犯罪感和恐惧感，这些心理成了她们沉重的精神负担。此后，她们会经常处于追求快感的动机与由此产生的自责的矛盾中。同时强烈持久的性心理冲动又必然引起头昏、失眠、食欲不振、注意力不集中、记忆烽减退等现象，除了这些一般症状外，还可能产生抑郁症、强迫症、精神异常，严重时会损害身心健康。
因此，青春少女要妥善安排自己的工作和生活。业余时间多参加一些有益的文体活动和社会活动。不要看黄色下流、低级庸俗的书画影视，养成有规律的作息时间，按时睡觉，按时起床，睡觉时被褥不宜过暖过重。内裤最好用软质布料，不要太紧太小。要勤洗换，睡觉前清洗外阴，月经期最好每日清洗两次。睡眠不要俯卧位，以右侧为宜。此外，乐观开朗的情绪，丰富多彩的生活都会使青春少女强身健体，身心健康。