阴茎的大小主要是受遗传因素的影响，真性男性阴茎短小症是多见于先天性，少数为后天的。先天症的有睾丸发育不全症又称克氏综合症。
这类病人，身材高大而阴茎却短小，睾丸小，阴茎虽能勃起，且具有性欲、射精和遗精等正常性功能，但由于睾丸不能产生精子，所以排出的精液中无精子，因而无生育能力。先天性小睾丸症，阴茎也短小，由于睾丸分泌男性激素不足，因而缺乏性欲和正常性功能，虽然可以使用睾丸酮来治疗，但只能增强性功能，而不能生育。先天性真性男性阴茎短小目前仍无治疗方法。
后天性的阴茎短小，主要因睾丸痿缩引起，如：长其从事超声、微波、放射线、高温等作业的男性，青春期前腮脉炎合并睾丸寒，长期食用粗制棉籽油等，均可引起睾丸痿缩。后天性真性男性阴茎短小症的睾丸分泌雄激素功能正常，性染色体也正常，主要是精子生成障碍而引起不育症，但并不影响生殖器官及第二性征的发育，也不影响正常的性欲和性功能。后天性的真性男性阴茎短小症，经过治疗或避免损伤，睾丸功能的工作，是可能逐步得以恢复的。
阴茎改造的方法：
1、体形肥胖的人，由于身体下腹部的脂肪层比较厚，造成阴茎被埋入脂肪层，形成“乌龟头式阴茎”。这种情况下用脂肪抽取机除去下腹部的脂肪层或手术切除脂肪层后，在外观上就有阴茎长度延长的效果。
2、单纯脂肪注射阴茎成形术：这种手术方法是抽取自身的脂肪，注射入阴茎内。优点是手术简单，创伤少。缺点是注射脂肪的存活与否这一关健问题受较多因素制约，手术效果也不尽理想。医学界对此方法有不同看法，仍然处于探索阶段，提高脂肪移植后存活率是关健。
3、假体植入：假体植入本来是欧美国家治疗器质性阳痿的一种手术方法。植入假体后，阴茎也可以增长、增粗。因此，在一些有强烈增大增粗阴茎愿望的患者的要求下，欧美国家有时也使用这一方法满足他们的要求。此类手术在国内目前还很少开展。