(1)前列腺癌：晚期也表现为排尿不适，可有尿频、尿急、排尿困难。直肠指检发现前列腺质地较硬，可有结节;血清PSA明显升高，经直肠B超可见前列腺内有不均质光团，前列腺穿刺活检可确诊。
(2)前列腺结核：也表现为尿频、尿急、尿痛伴尿道滴液，有下腹及会阴部疼痛。通常有泌尿生殖系结核病史，直肠指检可发现前列腺有不规则的结节，前列腺液中可找到抗酸杆菌。
(3)慢性无菌性前列腺炎：也表现为尿频伴尿道滴液，有下腹及会阴部疼痛。两者主要根据VB1、EPS、VB3的细菌培养进行鉴别，无菌性前列腺炎的VB1、EPS、VB3的细菌培养均为阴性。
(4)前列腺增生症：也表现为尿频伴排尿不畅。多发生于老年男性，以排尿不畅为主，直肠指检发现前列腺明显增大，而前列腺液常规一般无白细胞。
(5)精囊炎：也表现为尿频、尿急、尿痛伴尿道滴液，有下腹及会阴部疼痛。常有血精，且精囊液检查可见红细胞和白细胞。
(6)慢性膀胱炎：也表现为尿频、尿急、尿痛伴有下腹及会阴部疼痛。VBl、VB3均可见白细胞，培养有细菌生长，但EPS检查正常。
3.非细菌性前列腺炎的鉴别诊断
慢性膀胱炎：也表现为尿频、尿急、尿痛伴下腹及会阴部疼痛。但慢性膀胱炎VB1、VB3的细菌培养为阳性，而EPS无细菌生长。
慢性尿道炎：也表现为尿频、尿急、尿痛。VB1的细菌培养为阳性，而VB3、EPS的细菌培养无细菌生长。