性高潮障碍的病因可分为体因性（如躯体疾病、饮酒过度、疲劳、抑制性药物的服用、性器官的慢性炎症等）和精神性因素。绝大多数为精神性的，性方面的不幸遭遇往往是性高潮障碍的重要原因。因婚前被强奸、被污辱而长期自责的女性，视性交为畏途。认为性交为肮脏、污秽之举的女性可很长时间无性高潮。对配偶的敌视、害怕妊娠、希望没有孩子，也是性高潮障碍的原因。不少性高潮障碍是由夫妻关系不和引起的，如缺乏情感交流、相互不满、不信任或对性爱的看法、方式有分歧等。另外，心理障碍、宗教神秘信念的影响也是性高潮障碍的原因。
临床上常引起性高潮障碍的疾病有以下几种。(1)生殖泌尿器官疾病:如外阴、阴道、子宫、附件、尿道、膀胱等的炎症,肿瘤、外伤、畸形等。(2)内分泌系统疾病:如艾迪生病(阿狄森病)、库欣(柯兴)综合征、甲低、甲亢、糖尿病等。(3)神经系统疾病:如多发性硬化病、脊髓损伤,或肿瘤、糖尿病性神经病。(4)其他一些慢性疾病:可影响性欲和健康,从而间接减弱性高潮反应。另外严重创伤,妇科大手术后亦可影响性高潮的出现,有抑制大脑神经作用的药物如麻醉剂、巴比妥类等亦可能使性高潮反射消失。