出现射精疼痛，首先要查找原因，如果夫妻分居后第一次性交，或性交次数减少后，射精疼痛减轻或停止，则是因性交过频引起的，则要减少性交次数，恢复一段时间，以保持性器官的充分休息，即可消除射精疼痛。因男性性交动作强烈甚至粗暴引起的射精疼痛则要减轻阴茎在阴道中提插动作的幅度和强度。
因包茎引起的可作包茎环切术。若因前列腺炎引起的可作直肠指诊，能触及肿大的前列腺，或取前列腺液检查即可确诊。若因精囊炎引起的，可有血精症。若因尿道炎引起的，尿检查可发现脓细胞，这是因生殖器或尿道感染所引起的射精疼痛，均可使用抗生素消炎治疗，或用青霉素80万单位肌肉注射，每日2次，或庆大霉素9万单位肌肉注射，每日2次，或局部超短波治疗，或服中药知柏地黄九，八正散，导赤散等。
若查找不出上述原因，则应作X线拍片，以排除尿道结石，阴茎或其它生殖器官肿瘤的可能，此时最好请泌尿外科医生诊治。