第一，促使动脉硬化。
豆制品含有极为丰富的蛋氨酸，蛋氨酸在酶的作用下可转化为半胱氨酸。它会损伤动脉管壁内皮细胞，使胆固醇和甘油三酯沉积于动脉壁上，导致动脉硬化形成。
第二，促使痛风发作。
豆腐含嘌呤较多，嘌呤代谢失常的痛风病人和血尿酸浓度增高的患者，多吃豆腐易导致痛风发作。
第三，导致碘缺乏。
制作豆腐的大豆含有的皂角甙，会加速体内碘的排泄。长期过量食用豆腐很容易引起碘缺乏，导致碘缺乏病。
第五，增加肾脏负担。
在正常情况下，人吃进体内的植物蛋白质经过代谢，最后大部分成为含氮废物，由肾脏排出体外。人到老年，肾脏排泄废物的能力下降，此时若不注意饮食，大量食用豆腐，摄入过多的植物性蛋白质势必会使体内生成的含氮废物增多，加重肾脏的负担，不利于身体健康。
第六，对精子有害。
英国科学家实验室初步研究发现：大豆中一种植物化学物质可能对精子有害。据路透社报道，英国研究人员称，在大豆中发现的一种植物化学物质可能对精子有害，影响男性的生育能力。
令精子失去生育能力伦敦大学国王学院教授琳恩·弗雷泽的研究显示，能模仿雌激素作用的染料木素影响小鼠的精子。弗雷泽在一次生育会议上说：“人类精子对染料木素的敏感性超过小鼠精子。”
在试验中，弗雷泽发现，少量的这种化学物质就可以破坏男性精子，在精子游向卵子时令精子“消耗殆尽”，失去生育能力。在实验室中发现的对精子的影响也可能与现实生活没有直接的联系。但英格兰谢菲尔德大学的艾伦·佩西博士说，令人担心的是，这些化学物质是否会影响成熟的精子。
试图受孕女性慎吃豆制品弗雷泽又说，如果女性食用大豆和其他富含染料木素的食物，对男性生育能力的影响可能更大，因为这种化学物质很可能在精子进入女性体内使女性受孕时对精子产生影响。弗雷泽解释说：“母亲暴露于这种物质大概比父亲暴露于这种物质更加危险。”
虽然这是最初的研究，但弗雷泽推测，这些结论可能影响试图受孕的女性。她在欧洲人类繁育和胚胎学协会的会议上说：“根据我们的研究，如果你有食用大量豆制品的习惯，你应该在排卵期限制饮食。” 链接特殊基因助高龄怀孕英国首相布莱尔夫人谢丽45岁生下第4个孩子利奥的时候，布莱尔的“能力”曾受到英国社会广泛赞誉。
但利奥的出生很可能归功于布莱尔夫人的基因，而非首相本人。最近，科学家在那些45岁以后还能自然生育的女性身上找到了一种特定基因。耶路撒冷哈达萨大学医院研究人员对250名德裔犹太妇女作了研究通过研究，发现她们卵巢内有一种似乎能够防止DNA遭破坏和细胞老死的基因。