衣原体是比细菌还要小的微生物，能通过除菌滤器。它广泛寄生于人类、哺乳动物和鸟类，但仅有少数可以致病，其中引起人类疾病的有沙眼衣原体和鹦鹉热衣原体。
沙眼衣原体包括沙眼或角膜炎衣原体和性病淋巴肉芽肿病衣原体。根据各种衣原体所含的特异性抗原的不同，可分15个血清型，其中A-K8种血清型与尿道炎、宫颈炎及结膜炎有关。衣原体在细胞生长繁殖，有特殊的发育周期，每个发育周期约48-72小时。衣原体在体内能生存2-3天，在去氯的自来水中可生存5天。衣原体对热敏感，在56度-60度时可生存5-10分钟。衣原体而冷，在-70度时可生存数年。紫外线、室温下干燥即可将其杀死。
沙眼衣原可侵犯泌尿生殖系统。在男性，可引起非淋菌性尿道炎，并同时会存在前列腺炎、附睾炎，并发直肠炎、膀胱炎；女性，除可导致尿道炎外，还可引起子宫颈炎、宫外孕、流产和死胎。沙眼衣原体在体内可产生毒素，引起生殖炎症和粘连而引起不孕症。个人的不良的卫生习惯、不洁的性生活最易增加沙眼衣原体感染的机会。目前，沙眼衣体感染生殖道被公认为性传播性疾病，近年来发病率逐年上升，常与淋球菌混合感染，为男性非淋菌性尿道炎的一个主要原因。
男性感染衣原体后，潜伏期一般为1-4周，主要临床表现
1、尿道不适、尿道口红肿、刺痒、疼痛，轻重不等的尿急、尿频，少数有排尿困难。
2、尿道有少量稀薄的白色分泌物，分泌物为浆液或脓性，不易流出；晨起在尿道外口常有粘液粘着或在内裤上沾染有污迹。
3、伴有膀胱炎时可有血尿。
4、伴有附睾炎时多半单侧发生，附睾硬肿，有触痛，有时可累及睾丸，睾丸肿大，质硬、有触痛；输精管变粗，阴囊水肿。
5、伴有前列腺炎时肛门指诊，前列腺肿大、柔软，按摩时感疼痛，会阴部及肛门部感不适或有下坠感，轻度钝痛，疼痛可向横膈以上部位放射，以早晨最为明显，可引起性功能障碍；急性期可压迫尿道，造成后尿道梗阻、尿流变细、排尿无力、尿频、尿流中断等症状。
6、伴有直肠炎时肛门灼热痒痛，有粘液性分泌物流出。
7、约有30%-40%的病人可呈出现无症状的隐性感染，易于漏诊，并有大多因淋病经过有效治疗治愈后，又出现尿道炎症状，此种情况为淋病后尿道炎，大多为衣原体感染，易误认为淋病未治愈转为慢性淋病，或认为是而青霉素或而其他抗生素菌株感染，应予注意。
女性感染衣原体后，潜伏期一般为2-5天，主要临床表现
1、尿频、尿急排尿困难，尿道口充血、水肿，自觉症状轻微，尿道有灼热感合大多无尿痛或仅有轻微尿痛。
2、多数患者症状不明显，仅有白带增多。
3、伴有宫颈炎时初期仅为白带增多，病情继续发展，可见宫颈肥大、宫颈红肿糜烂，宫颈管可有黏液脓性分泌物以及充血、水肿、糜烂，部分患者可感下腹部疼痛，常被误诊为妇科病，未治疗的衣原体宫颈炎病程一般可持续一年或更长时间，在此期间可出现各种并发症。
4、伴有输卵管炎时，急性期较严重，可有发热、寒战、头痛、呕吐、恶心、腹胀、尿频、尿急等，有时骶部疼痛，并向大腿部放射；慢性时有下腹部疼痛及腰痛，月经紊乱，为异位妊娠及不孕证的重要原因，有些患者除不孕症外，可无任何自觉症状。
5、时有月经过多或子宫不规则流血。有文献报道，放置宫内节育器后子宫异常出血与生殖道衣原体、支原体感染密切相关。
6、孕妇是沙眼衣原体感染的特殊人群，妊娠合并生殖道沙眼衣原体感染，可通过产道感染、宫内感染、产褥感染3条途径引起流产、死胎、胎儿宫内发育迟缓、胎膜早破、低出生体重儿、新生儿结膜炎、新生儿肺炎等，孕妇在临床上多呈非特异性表现，症状不明显。
7、可继发不孕或宫外孕。
8、当宫颈炎、附件炎长期治疗效果不佳时应考虑本病。
9、约有80%无任何症状表现为隐性感染，但可携带病原体，具有传染性，成为重要传染源。
处理要点
1、首选红霉素，但胃肠道反应大，孕妇不能耐受。
2、阿奇霉素，不良反应少，安全有效，为治疗孕妇衣原体感染的一线药物。
3、早孕期非迫切要求生育者，可终止妊娠，避免发生胎儿和新生儿感染。
4、中晚期妊娠时，可继续妊娠，但必须治疗，可减少和预防感染。
5、新生儿出生时必须有治疗，口服和滴眼液两项不能少，可预防新生儿衣原体肺炎的发生。并应做脐血监测沙眼衣原体。
6、抗生素不能长期服用，有一定的副作用，而且抗生素有耐药，如长期治疗不愈者，可选择中药。