病毒感染
病毒感染是诱发儿童与青少年睾丸萎缩最为常见的病因，尤其是流行性腮腺炎病毒，俗称“痄腮”病。当睾丸受此病毒侵袭后，睾丸内的生精组织会受到破坏，睾丸体积缩小，质地变软。
传统内裤设计不合理所致
由于男人的身体构造很特别，阴囊的伸缩是为了调节睾丸的温度低于体温2-3度，所以到了夏天阴囊会扩张的比冬天大的面积来调节温度。更因为那特别的部位很重要，因此男人的内裤其实影响男人睾丸萎缩非常大，不过因为男人个性上较不拘小节，对于内裤设计不良而产生的不适，经常隐忍并轻忽，导致现有市场上所有传统男性内裤，其实皆隐存有很大缺点，比如很多内裤前面都是双层的，将JJ和阴囊紧紧的包裹着，易导致睾丸温度升高，进而引发睾丸萎缩。特别是到了夏天更是导致阴囊潮湿、温度长时间处在高温中，时间久了还会引发许多相关的皮肤病和生理机能的疾病。内裤是主要的原因，而往往容易忽视。
损伤
阴囊或睾丸部位发生过撞击性损伤，造成阴囊血肿或睾丸裂伤等，即使创伤愈合，睾丸也会长期处于供血不充裕状态，发生萎缩。
炎症
重度睾丸炎，发病时睾丸肿胀、疼痛，可以持续多日。由于细菌侵犯而造成睾丸组织破坏，导致睾丸组织发生萎缩。
放射性物质影响
凡是较长时间接触放射性物质者，例如长期从事X线、同位素等职业人员，如未作很好保护，会引起睾丸萎缩症。
内分泌疾病
睾丸是一种内分泌器官，主要产生雄激素，而身体上许多指挥内分泌的器官，如脑垂体、肾上腺、丘脑下部等出现疾病，都会干扰睾丸的功能，引起睾丸萎缩。
药物影响
长期服用某些有毒性药物，例如砷剂，或者反复使用对抗雄激素的雌激素类药物，例如乙芪酚等，都会引起睾丸萎缩。